La prise en charge des rectites cryptogénétiques est assez bien codifiée en première intention et fait l’object de recommandations consuelles comme celles de l’ECCO (European Crohn’s and Colitis Organisation). Les principaux agents efficaces sont les amino-salicylés, les corticostéroïdes (dont l’emploi doit être limité), l’azathioprine et les anti-TNF alpha.
De nombreuses autres molécules ou traitements non médicamenteux font l’objet de recherches. La localisation de la maladie autorise des traitements non seulement par voie orale (ce qui nécessite des galéniques particulières en cas de médicament d’action topique) ou systémique mais aussi par voie rectale : suppositoires, mousses, ou lavements.